Melissos von Elea (auch Melissos von Samos; * um 490 v. Chr.; † 430 v. Chr.) war ein antiker griechischer Philosoph und Flottenbefehlshaber. Er lebte um die Mitte des 5. Jahrhunderts v. Chr. und wird zu den Vorsokratikern gezählt.

Ursprünglich stammte er aus Samos. Er verbrachte aber den Großteil seines Lebens in Süditalien als Anhänger der eleatischen Schule. Um 441 v. Chr., als die Samier einen Aufstand gegen Athen unternahmen, soll er Kommandant der samischen Flotte gewesen sein und die Athener in einer Seeschlacht (oder mehreren) zurückgeschlagen haben. Allerdings unterlag er schließlich trotz dieser Erfolge seinem Gegner Perikles.

Seine Lehrer waren Parmenides von Elea und Zenon von Elea. Wie sie versuchte auch Melissos die Lehre zu begründen, dass es keine Veränderung - also weder Bewegung, noch Werden und Vergehen - in der Welt gebe. Aus diesem Grund gilt ihm das sinnliche Wahrnehmen, das Veränderungen vorspiegelt, als trügerischer Schein. Seine Werke Über das Seiende und Über die Natur sind nur fragmentarisch überliefert.